El objetivo del Instituto de Salud Tropical de la Universidad de Navarra consiste en encontrar soluciones de diagnóstico, tratamiento, prevención y control de enfermedades de países en vías de desarrollo así como compartir formación. De este modo, pretende a través de su trabajo mejorar la calidad de vida de las personas de estos países evitando que en el futuro, pueda hablarse de enfermedades "olvidadas" o "desatendidas" y considerando que vivimos en un mundo global donde la salud de unos es la salud de todos. El Instituto se hace eco de la experiencia de décadas de investigación multidisciplinasr de enfermedades desarrollado en las facultades de Medicina, Farmacia, Ciencias, Enfermería, la Clínica Universidad de Navarra, el Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA) y la Escuela de Ingenieros.
El Instituto busca aproximar su investigación a la aplicación clínica en colaboración con hospitales y centros de investigación de universidades de países en vías de desarrollo. Para ello, colabora con investigadores y científicos de diferentes instituciones y universidades en Perú, Argentina, Costa Rica, Mali, Nigeria, Mozambique, Mongolia, Congo, Francia, Portugal, Suiza y Tanzania, entre otros.
El Instituto de Salud Tropical de la Universidad de Navarra trata de lograr una participación activa de los países de modo que se produzca transferencia de conocimientos y tecnologías a los países afectados.